24 czerwca 1941 ludowy komisarz spraw wewnętrznych Ławrientij Beria skierował tajny telegram do obwodowych urzędów NKGB, zawierający rozkaz rozstrzelania wszystkich więźniów politycznych przetrzymywanych w zachodnich obwodach ZSRR, których ewakuacja w głąb kraju była niemożliwa. W myśl rozkazu Berii stracone miały zostać osoby skazane za „działalność kontrrewolucyjną”, „działalność antysowiecką”, sabotaż i dywersję, a także więźniowie polityczni znajdujący się w śledztwie.

W praktyce losy więźniów potoczyły się różnie. Niekiedy z powodu braku czasu lub środków transportu enkawudziści byli zmuszeni pozostawić ich w zamkniętych celach, z których później uwolnili się samodzielnie lub z pomocą żołnierzy niemieckich i miejscowej ludności. Stosunkowo częste były przypadki wypuszczania na wolność więźniów kryminalnych, a także kobiet i młodocianych, na których nie ciążyły poważne zarzuty natury politycznej. NKWD nie zrezygnowało również z ewakuacji części więźniów na wschód;