Po wybuchu wojny największe szanse ocalenia mieli więźniowie, których przetrzymywano w niewielkiej odległości od granicy. W Brześciu Litewskim już w pierwszym dniu wojny niemieccy żołnierze uwolnili więźniów miejscowego więzienia, a następnie wspólnie z nimi polowali na nadzorców usiłujących ukryć się w mieście. W Grodnie i Białymstoku strażnicy więzienni uciekli, a pozostawieni bez nadzoru więźniowie zdołali wydostać się na wolność. Podobnie potoczyły się wypadki w więzieniach w Baranowiczach, Kobryniu, Lidzie, Łomży, Prużanach, Słonimiu i Wołkowysku. Z kolei w Nieświeżu i Nowogródku miejscowi naczelnicy podjęli próbę ewakuacji więzień, lecz z powodu przeciwdziałania ludności cywilnej lub nalotów niemieckiego lotnictwa nie doszła ona do skutku, a większość osadzonych zdołała zbiec.
Od pierwszych godzin wojny w więzieniach kresowych rozstrzeliwano więźniów, wobec których przed 22 czerwca orzeczono karę śmierci lub wysokie wyroki więzienia. Ponadto jeszcze przed wydaniem przez Berię rozkazu w sprawie „rozstrzelania elementów kontrrewolucyjnych” miały miejsce wypadki, gdy strażnicy lub funkcjonariusze lokalnych placówek NKGB i NKWD z własnej inicjatywy przystępowali do likwidacji wszystkich więźniów politycznych.