W Augustowie już w pierwszym dniu wojny żołnierze wojsk ochrony pogranicza zastrzelili ponad 30 więźniów ze swojego aresztu, w tym dwie kobiety i dziesięcioletniego chłopca. Tego samego dnia żołnierze tej samej formacji spalili żywcem więźniów, których przetrzymywali w areszcie na zamku Sapiehów w Oleszycach. 23 czerwca na podwórzu więzienia w Łucku funkcjonariusze NKWD i NKGB zmasakrowali blisko 2 tys. więźniów, w większości Ukraińców i Polaków. W Oszmianie w nocy z 23 na 24 czerwca w piwnicach miejscowej siedziby NKWD zabito prawdopodobnie 52 polskich więźniów, których doprowadzono z sąsiedniego więzienia.
Eksterminacja więźniów nabrała masowego charakteru po 24 czerwca. Szczególnie krwawy przebieg miała na Kresach Południowo-Wschodnich, gdyż niemiecka ofensywa odnotowała tam relatywnie wolniejsze postępy niż na Białorusi i w krajach bałtyckich, co dało NKWD więcej czasu na wymordowanie więźniów. Na tym obszarze doszło do kilkudziesięciu masakr więziennych. Według niepełnych danych z sowieckich archiwów w więzieniach na tzw. Zachodniej Ukrainie stracono około 50 proc. więźniów.