Największe masakry miały miejsce we Lwowie. W tamtejszych więzieniach – „Brygidkach”, więzieniu przy ul. Łąckiego, więzieniu na Zamarstynowie, a także w ich filiach – więźniów zabijano od pierwszego dnia wojny, lecz od 25 czerwca egzekucje odbywały się na skalę masową. Do 28 czerwca, kiedy to Sowieci opuścili miasto, z rąk funkcjonariuszy NKWD i NKGB zginęło od 3,5 tys. do 7 tys. więźniów, głównie Ukraińców i Polaków. W opustoszałych więzieniach znaleziono tylko nielicznych ocalałych.
Do masowych mordów doszło również w więzieniach i aresztach wielu innych miast Wołynia i Galicji Wschodniej. Ze Stanisławowa ewakuowano część więźniów, a pozostałych, w liczbie od 1,2 tys. do 2,5 tys. osób, rozstrzelano w więziennych piwnicach lub na więziennym dziedzińcu. W Czortkowie od 100 do 200 więźniów enkawudziści zamordowali na terenie więzienia, około trzystu pięćdziesięciu w nieludzkich warunkach ewakuowali koleją, a blisko dziewięciuset pognali pieszo na wschód, by ostatecznie rozstrzelać ich w Humaniu. Od pięciuset do tysiąca osób zamordowano w Dobromilu i pobliskiej kopalni soli „Salina”, przy czym masakra ta miała szczególnie okrutny charakter, gdyż część więźniów zabito przy użyciu młota.