10 lipca 1944 cerkiew poważnie ucierpiała wskutek nalotu na wileński dworzec kolejowyPrawosławie na świecie: Litwa. Regularne nabożeństwa w wileńskiej cerkwi św. Aleksandra Newskiego, „Przegląd Prawosławny”, nr 1 (331), styczeń 2013, . Zniszczona została główna kopuła i dzwonnica, uszkodzone zabudowania mieszkalne. Niemal całkowitej destrukcji uległo również oryginalne wyposażenie wnętrza. W związku z tym w pierwszych latach po wojnie funkcję cerkwi spełniała prowizoryczna kaplica domowa urządzona w prawym skrzydle kompleksu budynków. W 1947 zakonnice zakończyły odbudowę pomieszczeń mieszkalnych i dzwonnicy. W dwa lata później odbudowano główną kopułę.
Równolegle prowadzone były prace nad rekonstrukcją wnętrza cerkwi. 8 listopada 1951 arcybiskup wileński i litewski Focjusz (Tapiro) dokonał ponownego poświęcenia budynku. Cztery lata później, przy finansowej pomocy patriarchatu moskiewskiego, rozbudowano obiekty klasztorneG. Szlewis, Православные храмы Литвы, Свято-Духов Монастыр, Vilnius 2006, , ss. 100–101.