Zamknięcie cerkwi Planowane były dalsze prace nad rozbudową cerkwi i klasztoru, jednak 12 czerwca 1959, mimo protestów parafian, zarówno monaster, jak i cerkiew zostały usunięte z rejestru czynnych prawosławnych obiektów sakralnych. Parafianie wystosowali w tej sprawie list do Nikity Chruszczowa, prosząc o uwzględnienie znaczenia cerkwi dla południowych dzielnic Wilna, jednak bez rezultatu. 28 sierpnia 1960 ostatnie zakonnice opuściły obiekty monasterskieG. Szlewis, Православные храмы Литвы, Свято-Духов Монастыр, Vilnius 2006, , s. 101. Mniszki zamieszkały w jednym z budynków męskiego monasteru Świętego Ducha w Wilnie, niektóre przeniosły się do Monasteru Piuchtickiego.
Jako obiekt zabytkowy cerkiew stała się formalnie własnością Ministerstwa Kultury Litewskiej Republiki Radzieckiej, które urządziło w dawnych budynkach klasztornych placówkę wychowawczą, nie zajmując się zupełnie konserwacją cerkwi, w której urządzono magazyn, dzieląc nawę na mniejsze pomieszczeniaG. Szlewis, Православные храмы Литвы, Свято-Духов Монастыр, Vilnius 2006, , s. 102. Dopiero po 1990 eparchia wileńska i litewska Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego odzyskała budynek razem z cerkwią św. Paraskiewy w Wilnie. Z wnętrza cerkwi św. Aleksandra Newskiego usunięto elementy wprowadzone po jej zamknięciu, rozpoczęto również remont obiektu.