Francuzom udało się jednak wkrótce odnieść drobny sukces: Fleuron i Gloire zmusiły do poddania się rosyjską fregatę Mitawa, będącą częścią rosyjskiej floty admirała Thomasa Gordona. Niestety 1 czerwca do Gdańska dopłynęła reszta rosyjskiej floty. Okręty rozpoczęły ostrzał Wisłoujścia i 3 czerwca de La Motte został zmuszony do kapitulacji. Tym samym Rosjanie uzyskali dostęp do gdańskiego portu.
Kapitulacja Mimo znacznego osłabienia oblężeni bronili się nadal, zadając przy tym Rosjanom znaczne straty. Jednakże wobec beznadziejnej sytuacji 27 (albo 28) czerwca król Stanisław Leszczyński opuścił Gdańsk w chłopskim przebraniu i udał się do Królewca. Miasto broniło się jednak jeszcze dwa dni i dopiero 30 czerwca – po 135 dniach obrony – obrońcy zostali zmuszeni do bezwarunkowej kapitulacji. Rosjanie weszli do miasta 9 lipca. Gdańsk poniósł znaczne straty w zabudowie i ludności, musiał też zapłacić reparacje wojenne. Rosjanie w czasie walk o miasto stracili ok. 8000 (według innych źródeł do 3000) ludzi i jeden okręt.
Stanisław Leszczyński przedarł się do Królewca, gdzie wydał manifest do poddanych (zaowocowało to zawiązaniem konfederacji dzikowskiej w obronie króla) i wysłał posłańca do Paryża, z prośbą do Ludwika XV o inwazję na Saksonię, w sile co najmniej 40 000 żołnierzy.