Tam 24 maja 1920 wziął udział w spotkaniu z przedstawicielami polskiego Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, którzy rozważali powierzenie mu zarządu diecezji chełmsko-warszawskiej, a w przyszłości udzielenie poparcia w staraniach o autokefalizację Kościoła w Polsce. Ostatecznie jednak za lepszego kandydata uznany został drugi duchowny uczestnik spotkania – biskup białostocki Włodzimierz.
28 czerwca 1921 r. patriarcha Tichon wyznaczył go na zwierzchnika eparchii wileńskiej i litewskiej z tytułem arcybiskupa. Tradycyjnie łączył urząd z godnością przełożonego monasteru Świętego Ducha w Wilnie. Po buncie Żeligowskiego podległa mu struktura została przedzielona granicą państwową. Wilno znalazło się początkowo na Litwie Środkowej, następnie zaś zostało włączone do Polski. W efekcie hierarcha nie miał w pierwszych dwóch latach zwierzchnictwa nad eparchią żadnego wpływu na to, co działo się na jej ziemiach pozostających w granicach Litwy kowieńskiej; cała jego działalność do 1923 skupiała się na sprawach Kościoła prawosławnego w II RP.