Działalność w niepodległej Polsce Arcybiskup Eleuteriusz zdecydowanie sprzeciwiał się staraniom o autokefalię dla Kościoła prawosławnego w Polsce. Był zwolennikiem zachowania jurysdykcyjnego status quo (tj. podporządkowania obszaru niepodległej Polski patriarchatowi moskiewskiemu i całej Rusi); w związku z tym nie uznał za swojego zwierzchnika metropolity warszawskiego Jerzego, mimo częściowego poparcia dla niego ze strony patriarchy Tichona. Krytykował również podjęcie przez niektórych biskupów prawosławnych rozmów z polskimi władzami państwowymi w sprawie przyszłej organizacji Kościoła. Wziął udział w soborze biskupów prawosławnych w Polsce 30 maja 1922 r., w czasie którego wystąpił przeciw sformułowanej przez metropolitę Jerzego deklaracji o rozstrzyganiu problemów prawosławia w Polsce bez konsultacji z Moskwą (tj. ani z patriarchatem, ani z popieraną przez bolszewików Żywą Cerkwią). Razem z locum tenens eparchii grodzieńskiej Włodzimierzem postulował poprawkę, która głosiła, iż sobór biskupów polskich, w razie konieczności rozstrzygania problemów będących w kompetencjach patriarchy, będzie mógł działać jedynie jednomyślnie. Poprawka ta nie została jednak uwzględniona. W tym momencie Eleuteriusz i Włodzimierz opuścili obrady soboru.