Regularnie publikował w piśmie Rukowodstwo dla sielskich pastyriej. Ukazywały się w nim jego artykuły o tematyce pedagogicznej, historycznej i bieżącej. W latach 1863–1870 był p.o. sekretarza redakcji, a w 1870 – pomocnikiem redaktora, odpowiadał także za dział bibliografii. Jego teksty były również drukowane w pismach „Kijewskije Jeparchialnyje Wiedomosti”, „Woskriesnoje cztienije” oraz „Kijewlanin”. 30 czerwca 1870 otrzymał, za całokształt pracy naukowej, stopień naukowy magistra teologii.

Służba kapłańska w eparchii kijowskiej Gdy jego żona poważnie zachorowała, Ilja Ekziemplarski złożył prywatny ślub, by w razie jej wyzdrowienia poświęcić resztę życia służbie Cerkwi prawosławnej. 14 września 1871 został wyświęcony na diakona, zaś pięć dni później przyjął z rąk metropolity kijowskiego Arseniusza święcenia kapłańskie. Hierarcha ten skierował go do służby w szkolnej cerkwi św. Pawła przy kolegium Pawła Gałagana, jak również powierzył mu stanowiska katechety i wychowawcy uczniów kolegium. Ks. Ekziemplarski był następnie również katechetą w I gimnazjum w Kijowie, w gimnazjum żeńskim ministerstwa oświaty oraz w żeńskim gimnazjum Funduklejewa. Oprócz tego był prywatnym katechetą dzieci generał-gubernatora kijowskiego Aleksandra Dondukowa-Korsakowa oraz P. Antonowicza, opiekuna kijowskiego okręgu szkolnego.