Rząd Ugandy i LRA podpisały rozejm 26 sierpnia 2006 roku. Zgodnie z warunkami porozumienia, siły LRA opuszczą Ugandę i przemieszczą się na terytorium Sudanu Południowego, do dwóch specjalnych obszarów chronionych przez rząd Sudanu. Rząd Ugandy obiecał nie atakować tych obszarów. Negocjacje były nadal prowadzone, choć miały burzliwy przebieg. Tymczasem, rząd rozpoczął się proces tworzenia nowych mniejszych obozów dla uchodźców, w celu zmniejszenia populacji w głównych obozach.
Przebywanie obcych wojsk na terytorium Sudanu Południowego komplikuje delikatne stosunki tego pierwszego z rządem w Chartumie. Dodatkowo wniosek rządu Ugandy do Międzynarodowego Trybunału Karnego o zawieszeniu dochodzenia w sprawie zbrodni wojennych popełnionych przez przywódców LRA został potępiony przez międzynarodowe organizacje obrony praw człowieka, ale w znacznym stopniu wsparty przez liderów i mieszkańców północnej Ugandy.
Do połowy 2007 roku, tysiące uchodźców opuściło obozy. Jednakże, ludność nadal jest ostrożna jeżeli chodzi o powrót domów, czekając na ostateczne zakończenie rebelii.