Od lipca 2006 roku, doszło do szeregu spotkań w Dżubie pomiędzy rządem Ugandy a LRA. Pośrednikiem w rozmowach został Riek Machar, wiceprezydent Sudanu Południowego. Rozmowy te, doprowadziły do zawieszenia broni we wrześniu 2006 roku; była to pierwsza inicjatywa rozwiązania konfliktu na drodze pokojowej od czasów ministra Betty Bigombe i jego starań w 1994 roku.
Negocjacje zostały zaaranżowane, po tym jak Joseph Kony opublikował w maju wideo, w którym zaprzeczył oskarżeniom o popełnienie zbrodni wojennych oraz wezwał do zakończenia okresu wrogości; w odpowiedzi na oświadczenie Kony'ego, prezydent Museveni zagwarantował jemu bezpieczeństwo, jeśli warunki pokoju zostaną uzgodnione do końca lipca. Pod koniec czerwca 2006 roku, rząd Sudanu Południowego oficjalnie zaprosił Ugandę do udziału w rozmowach pokojowych; same negocjacje rozpoczęły się w Dżubie 14 lipca. W dniu 4 sierpnia 2006 roku, Vincent Otti ogłosił jednostronne zawieszenie broni, jednocześnie zwracając się do rządu o to samo.