Utworzenie sieci „bezpiecznych wsi” w 1996 roku pogłębiło negatywne nastawienie do rządu, zwłaszcza u tych Acholi, którzy byli nadal atakowani przez LRA nawet w „bezpiecznych obozach”. Same obozy zyskały złą sławę, jako zatłoczone, niehigieniczne i przytłaczające miejsca zamieszkania.
W międzyczasie, w 1997 roku rząd Sudanu rozpoczął zmieniać swoje twarde stanowisko ws. rebelii. W 2001 roku stosunki pomiędzy Sudanem a Ugandą zaczęły się poprawiać. Część z setek tysięcy uchodźców rozpoczęło powrót do swoich domów. Liczba uchodźców spadła do około pół miliona, pojawiły się również głosy wzywające do rozwiązania „bezpiecznych obozów”.
Operacje antypartyzanckie i zabiegi dyplomatyczne (2002-2005) W marcu 2002 roku, Siły Obrony Ugandy (UPDF) rozpoczęły wojskową ofensywę, pod nazwą „operacja Iron Fist”, wymierzoną przeciwko bazom LRA w południowym Sudanie; ofensywa ta była przeprowadzona w porozumieniu z rządem Sudanu. Ofensywa, w połączeniu z zakończeniem II wojny domowej w Kongo i powrotem ugandyjskich wojsk, które były rozmieszczone w Demokratycznej Republice Konga, wytworzyła dla rządu Ugandy idealną sytuację do zakończenia konfliktu.