Po kilku miesiącach walk, siły LRA rozpoczęły wycofywać się z powrotem do Ugandy, po drodze przeprowadzając brutalne ataki nie widziane od 1995 roku; doszło do masowych wysiedleń i mordów w regionach, takich jak Soroti, po raz pierwszy w historii rebelii.
W ciągu tych lat, podjęto szereg inicjatyw dyplomatycznych, które nie przyniosły oczekiwanych skutków; zwłaszcza, że stanowisko LRA pozostawało niepewne. W listopadzie 2003 roku, wizytę w Ugandzie złożył Podsekretarz Generalny ds. Humanitarnej Organizacji Narodów Zjednoczonych Jan Egeland, który z rozczarowaniem stwierdził: „Nie mogę znaleźć innej części świata, która potrzebuje pomocy jak Uganda, a poświęca się jej tak niewiele uwagi opinii międzynarodowej”. W grudniu 2003 roku, prezydent Ugandy skierował do Międzynarodowego Trybunału Karnego wiosek, o ustalenie czy LRA jest winna międzynarodowych zbrodni wojennych.