O wysokiej pozycji miasta u schyłku starożytności świadczą ruiny późnorzymskiej rezydencji gubernatora (dux) i pozostałości po kilku kościołach bizantyjskich. Bizantyjczycy wznosząc swoje kościoły rozebrali część budynków z okresu hellenistycznego i rzymskiego, aby pozyskać materiał do budowy nowych obiektów w VI wieku. Spośród wcześniejszych obiektów w Apollonii zachowały się jedynie mury miejskie, pozostałości teatru i urządzeń portowych.
Wykopaliska i zabytki thumb|240px|Nadmorskie ruiny Apollonii z tzw. kąpieliskiem Kleopatry w tle thumb|240px|Grecki teatr Trzeba zaznaczyć, że krajobraz okolic Apollonii do złudzenia przypomina krajobraz Grecji, z malowniczymi wzniesieniami, porośniętymi tu i ówdzie karłowatymi drzewkami oliwnymi i figowymi, oraz czystą, niebieską taflą morza. Zapewne to zadecydowało, że Grecy z Thery zdecydowali się tu osiedlić, gdyż musieli się tu poczuć całkiem swojsko. Ogólnie rzecz biorąc na terenie Apollonii zachowały się przede wszystkim pozostałości po murach z okresu hellenistycznego, na całym niemal ich przebiegu, oraz budowle głównie z okresu bizantyjskiego. Najwyżej położony fragment ruin fortyfikacji mieści się na apollońskim akropolu – i tam robi największe wrażenie na zwiedzających. Na uwagę zasługuje teatr z okresu hellenistycznego, późniejszy jednak od murów.