Teatr poddano gruntownej przebudowie za cesarza Domicjana (81–96). I ten obiekt rozebrali częściowo Bizantyjczycy. Najlepiej zachowała się widownia (cavea), o 28 rzędach miejsc siedzących. W pobliżu na uwagę zasługują komory kute w skale, które służyły najprawdopodobniej za magazyny towarów odbieranych w porcie.
Ponadto zachowały się ruiny trzech okazałych kościołów bizantyjskich, oraz pałacu namiestnika z okresu bizantyjskiego, fortyfikacji z tzw. bramą zachodnią (nazwa nadana przez archeologów) oraz urządzeń portowych. Najbardziej charakterystycznym obiektem w całej Apollonii jest tzw. „kąpielisko Kleopatry”. Jest to widoczne z daleka skaliste wzniesienie, które od północnego zachodu oskrzydla szerokim łukiem przystań, dziś pogrążone częściowo w morzu. Pierwotnie mieścił się tam bez wątpienia kamieniołom. Niewykluczone, że w pewnym okresie krawędzie skał służyły starożytnym żeglarzom za pochylnię do remontu okrętów. Starożytne nekropolie Apollonii leżą na wschód i zachód od murów miejskich, przy czym od strony zachodniej przykryła je współczesna zabudowa Marsa Susa.