W 1866 przełożony klasztoru, archimandryta Guriasz, objął stanowisko proboszcza cerkwi św. Mikołaja w Rzymie i wyznaczył Nikołaja Gorodieckiego na swojego sekretarza. O decyzji tej przesądziła znajomość języków obcych, jaką posiadał posłusznik. W związku z tą decyzją 17 lutego 1866 Nikołaj Gorodiecki został postrzyżony na mnicha, przyjmując imię zakonne Flawian, zaś następnego dnia został wyświęcony na hierodiakona. Obrzęd postrzyżyn przeprowadził archimandryta German w cerkwi Ducha Świętego w kompleksie Ławry Aleksandra Newskiego w Petersburgu.
Niemal natychmiast po przybyciu do Rzymu archimandryta Guriasz musiał opuścić miasto w związku z zerwaniem stosunków dyplomatycznych między Imperium Rosyjskim a papiestwem. Początkowo udał się razem ze swoim sekretarzem do Neapolu. Następnie został nominowany na biskupa czeboksarskiego, wikariusza eparchii kazańskiej. Hierodiakon Flawian wrócił razem z nim do Rosji i zamieszkał w monasterze Przemienienia Pańskiego w Kazaniu. Tam też 9 kwietnia 1867 został wyświęcony na hieromnicha. W roku następnym, gdy biskup Guriasz został przeniesiony na katedrę symferopolską, hieromnich Flawian wyjechał razem z nim na Krym. Został zaliczony do grupy mnichów służących przy domu biskupim, był początkowo spowiednikiem, a następnie ekonomem. Ponadto służył w cerkwi św.