Teodora w Ałuszcie, a od 1871 do 1873 pracował jako katecheta, nauczyciel geografii i inspektor w eparchialnej szkole żeńskiej. Dwa lata później mianowano go przełożonym skitu Zaśnięcia Matki Bożej w Bakczysaraju. Za swoją pracę duszpasterską w eparchii symferopolskiej trzykrotnie otrzymywał błogosławieństwo Świętego Synodu.
Praca duszpasterska w Chinach Jeszcze w tym samym roku, 1873, hieromnich Flawian został skierowany na misję do Chin. Został również nagrodzony złotym krzyżem kapłańskim. Na miejscu podjął naukę języka chińskiego pod kierunkiem archimandryty Palladiusza. Na polecenie naczelnika misji tłumaczył na chiński (we współpracy z innymi członkami misji oraz chińskim nauczycielem) prace o tematyce religijno-moralnej, w tym Wskazanie drogi do Królestwa Niebieskiego metropolity moskiewskiego Innocentego i Krótki wykład wiary chrześcijańskiej ks. N. Wołobujewa. Sam opracował komentarz do nabożeństw prawosławnych przeznaczony dla chińskich wiernych. Przełożył również psałterz, horologion, oktoich, nabożeństwo panichidy, nabożeństwa Wielkiego Tygodnia, nabożeństwa dwunastu wielkich świąt, ułożył także krótki modlitewnik i komentarz do treści Ewangelii. Wielokrotnie głosił kazania, uczył rosyjskiego w szkółce dla chłopców.