Działalność arcybiskupa została wysoko oceniona przez Świątobliwy Synod Rządzący. Arcybiskup chełmski i warszawski dwukrotnie (w 1892 i 1894) był zapraszany jako członek kadencyjny na sesje Synodu, zaś w 1895 otrzymał order św. Włodzimierza II stopnia. W 1896 asystował przy koronacji cara Mikołaja II.
Fakt, iż polityka arcybiskupa Flawiana dodatkowo zniechęcała do prawosławia byłych unitów, prawdopodobnie stał się ostatecznie przyczyną przeniesienia go na inną katedrę. 21 lutego 1898 hierarcha został mianowany egzarchą Gruzji, arcybiskupem kartlińskim i kachetyńskim, co oznaczało także prawo do stałego uczestnictwa w obradach Świątobliwego Synodu Rządzącego. W tym samym roku otrzymał prawo noszenia brylantowego krzyża na kłobuku. W 1900 arcybiskup odznaczony orderem św. Aleksandra Newskiego.
Po trzech latach zarządzania Egzarchatem Gruzińskim arcybiskup Flawian został przeniesiony na katedrę charkowską i achtyrską, zachował jednak prawo do uczestnictwa w obradach Synodu.