Arcybiskup Flawian kontynuował zwalczanie typowych dla Chełmszczyzny tradycji liturgicznych o unickich korzeniach, wbrew woli wiernych zastępując je nieznanymi na tym terenie tradycjami typowo rosyjskimi. Przymusowe umacnianie prawosławia, wspierane przez carską administrację, przynosiło niejednokrotnie efekty odmienne od zamierzonych – byli unici odmawiali uczęszczania do świątyń. Równocześnie Flawian kontynuował wznoszenie nowych cerkwi, przy których następnie otwierał szkoły parafialne. W okresie sprawowania przez niego urzędu do użytku oddane zostały m.in. świątynie w Lubartowie, Węgrowie, Miechowie, Tomaszowie Lubelskim, Rypinie, Rawie Mazowieckiej, Łęczycy, Sierpcu, Łukowie, Włodawie, rozpoczęta została budowa soboru św. Aleksandra Newskiego w Warszawie. Hierarcha pozostawał w konflikcie z generał-gubernatorem warszawskim Aleksandrem Imeretyńskim (sprawującym urząd w latach 1896–1900). Nie zgadzał się z jego polityką pozornej liberalizacji i starał się doprowadzić do jego usunięcia z urzędu, oskarżając go o opuszczanie galowych prawosławnych nabożeństw. W 1897 publicznie skrytykował Imeretyńskiego w kazaniu wygłoszonym na uroczystościach w Chełmie.