W związku z tym mieszkańcy Merecza zwrócili się od odszkodowanie do ministra skarbu rządu rosyjskiego, ten z kolei odesłał ich prośbę do generała-gubernatora w Wilnie, który odpowiedział negatywnie. W XIX wieku koło Merecza przebiegała granica celna między Królestwem Polskim i Cesarstwem Rosyjskim, a okolice miasta słynęły z przemytu wódki. mały|Merecz ok. 1912 W połowie XIX wieku rozebrano dawny klasztor, a na miejscu ratusza wzniesiono cerkiew Podwyższenia Krzyża Pańskiego. Zachował się natomiast gotycki kościół parafialny ufundowany przez króla Władysława Jagiełłę. Według przekazu Zygmunta Glogera przy drodze do Turgiel znajdował się neogotycki pałac Oktawiusza Choiseul-Gouffiera, po którym pozostała tylko 14-metrowej wysokości kaplica z połowy XIX wieku. W Mereczu istniał młyn turbinowy, który spłonął w 1908 roku. Przed 1914 rokiem okolice miasteczka opustoszały wskutek słabych gleb i masowej emigracji do Ameryki. W wyniku I wojny światowej Merecz znalazł się w granicach Pierwszej Republiki Litewskiej.