Ze względu na fakt, iż większość ofiar zamordowano strzałem w tył głowy, komisja próbowała bowiem powiązać masakrę na Zamku Lubelskim z mordem polskich oficerów w Katyniu, wskazując zbieżność zastosowanych przez katów metod jako „dowód” na rzekome niemieckie sprawstwo zbrodni katyńskiej.
Co najmniej 170 ciał odnalezionych w celach Zamku zostało zabranych i pochowanych przez rodziny. 28 lipca 1944 roku zwłoki pozostałych 127 więźniów uroczyście pochowano w zbiorowej mogile u stóp Zamku Lubelskiego. Pogrzeb miał manifestacyjny charakter – uczestniczył w nim m.in. generał Zygmunt Berling oraz przewodniczący Centralnego Biura Komunistów Polski, generał Aleksander Zawadzki. 25 lutego 1954 szczątki pochowane w zbiorowej mogile na Podzamczu zostały ekshumowane i przeniesione na cmentarz przy ulicy Lipowej w Lublinie. Tam spoczęły we wspólnym grobie wraz z ciałami 26 więźniów Zamku Lubelskiego, rozstrzelanych przez Niemców 4 lutego 1941 i pogrzebanych w lasku pod Bogucinem koło Garbowa.