Mimo swojego uwielbienia dla islamu Goldziher pozostał aż do śmierci oddanym wyznawcą judaizmu. Jego zachwyt obydwiema religiami, islamem i judaizmem, zawiódł go do poszukiwania punktów stycznych w obu tych wyznaniach. Mimo że odmówiono mu płatnej posady na uniwersytecie z powodu jego wyznania, odmówił konwersji. Wprawdzie zapewniłoby mu to finansową niezależność i sukces zawodowy, ale nie pozwoliło mu na to głęboko zakorzenione oddanie dla wiary przodków.
Prace Goldzihera zostały odgrzebane na nowo dzięki krytycznym ocenom ze strony Edwarda Saida w jego głośnej książce Orientalizm (1978). Said zarzucał zachodnim prekursorom orientalistyki, że zbyt powierzchownie zbadali realia Orientu, ponieważ stworzyli wyobrażenie na jego temat z góry wyrobionych uprzedzeń natury psychologicznej. Prace Goldzihera w zasadzie przeczą tym zarzutom. W swoich licznych książkach i artykułach Ignaz Goldziher starał się doszukiwać początków doktryn i rytuałów islamu w praktykach innych kultur. W tym celu ustalił, że islam stale się rozwija jako cywilizacja, zapożyczając idee z zewnątrz i użyczając ich innym. Posunął się nawet, ze zrozumiałych względów, do krytyki Kościoła katolickiego, który jego zdaniem w sposób arbitralny narzuca wiernym decyzje za pośrednictwem dogmatów, synodów i soborów.