Lokalnym organem władz okupacyjnych była cesarska i królewska komenda wojskowa, mająca charakter militarny. Na jej czele stali oficerowie armii austro-węgierskiej. W ramach tej komendy istniał komisariat cywilny kierowany przez komisarza cywilnego narodowości polskiej. Zachowano dotychczasową organizację władz gminnych i miejskich. Językiem urzędowym był niemiecki, ale w kontaktach z ludnością używano języka polskiego. Pod koniec 1917 przywrócono samorząd powiatowy, a latem 1918 – miejski.
Wielkie wzburzenie w powiecie wywołał traktat brzeski, mocą którego powiat znów miał być podzielony na część polską i „chełmską”, należącą do Ukrainy. Projektowana granica miała przecinać południową Lubelszczyznę wzdłuż linii Tarnogród – Biłgoraj – Szczebrzeszyn.
W październiku 1918 Rada Regencyjna powołała jako podstawowe jednostki administracji powiaty zarządzane przez komisarzy – początkowo zwanych królewsko-polskimi, potem ludowymi, a wreszcie rządowymi. 3 listopada 1918 ostatni austro-węgierski komisarz wojskowy powiatu biłgorajskiego ppłk Aleksander Carapet przekazał władzę miejscowemu komisarzowi cywilnemu A. Cyfrowiczowi i wyjechał z Biłgoraja. 4 listopada miejscowe jednostki POW bez oporu rozbroiły żołnierzy austriackich.