Emigracja Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę znaczna część rodziny Wodzickiego została deportowana przez NKWD na Syberię, tam zmarł jego ojciec. Sam Wodzicki został zatrzymany przez NKWD, zwolniony przedostał się do Włoch, następnie do Paryża, gdzie spotkał się z żoną, Marią z domu Dunin-Borkowską i z dziećmi. We Francji oddał się do dyspozycji polskich władz emigracyjnych.

W 1940 w uznaniu jego prac przyrodniczych został wyróżniony tytułem honorowego przewodniczącego Francuskiego Towarzystwa Zoologicznego. Zajmował się problemami szkolnictwa polskiego na wygnaniu. Po upadku Francji przedostał się do Anglii, gdzie kontynuował badania naukowe współpracując z British Museum. W 1940 Wodzicki kierował także Funduszem Kultury Narodowej (FKN), wspierającym pracowników nauki oraz kultury i sztuki.