Po 1998 wycofała się z aktywności zawodowej i resztę życia spędziła samotnie w swoim warszawskim mieszkaniu przy Rynku Starego Miasta, przy Kamiennych Schodkach, przydzielonym w 1952 jej pierwszemu mężowi przez ówczesnego ministra kultury i sztukiIrena Turska, Przetańczone życie. Rzecz o Leonie Wójcikowskim, Polskie Wydawnictwo Muzyczne SA, Kraków, 2006, s. 156, . W ostatnich latach życia podupadła na zdrowiu i unikała kontaktów publicznych. W 2014 musiała poddać się poważnemu leczeniu szpitalnemu, po którym na czas rekonwalescencji znalazła się w Domu Opieki w Legionowie pod Warszawą, gdzie zmarła 28 września. Została pochowana 3 października 2014 w grobie rodzinnym na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 169-5-20). mały|Tablica na budynku przy Rynku Starego Miasta w Warszawie upamiętniająca Marią Krzyszkowską
Odznaczenia i nagrody Była najczęściej odznaczaną artystką polskiego baletu w okresie Polski Ludowej; otrzymała kolejno: 1953: Złoty Krzyż Zasługi 1955: Medal 10-lecia Polski Ludowej - Uchwała Rady Państwa z dnia 19 stycznia 1955 r.