W medycynie goździki jako surowiec leczniczy określane są mianem Caryophylli flos, a destylowany z nich olejek – Caryophylli aetheroleum. Goździki są używane jako środki wiatropędne w celu zwiększenia wydzielania kwasu solnego przez żołądek i do poprawy perystaltyki przewodu pokarmowego. Goździki są również uważane za naturalne leki przeciwrobacze. Olejek eteryczny stosowany jest w aromaterapii, gdy zachodzi potrzeba stymulacji i zwiększenia ciepłoty, zwłaszcza w przypadku problemów z trawieniem. Eugenol, główny składnik olejku goździkowego, wykazuje również działanie przeciwbakteryjne, przeciwgrzybowe, przeciwzapalne i przeciwbólowe. Zarówno goździki, jak i olejek, stosowane są jako lek pierwszej pomocy w przypadku bólu zęba i przy stanach zapalnych jamy ustnej oraz gardła.
W aromaterapii, poza ryzykiem podrażnienia skóry czy błon śluzowych, olejek goździkowy należy używać ostrożnie ze względu na ryzyko interakcji z lekami, embriotoksyczności oraz wpływu na krzepnięcie krwi. W tym drugim aspekcie największe ryzyko stwarza zastosowanie doustne.