W trakcie dalszych negocjacji w 1994 roku, Kony ukazywał się poprzedzony mężczyznami ubranymi w święte szaty spryskiwane wodą.
Między 1996 a 2001 rokiem doszło do wielu międzynarodowych prób zakończenia konfliktu oraz ukrócenia uprowadzania dzieci przez Kony'ego i jego Armię. Mimo starań nie udało się zakończyć procederu porwań, gwałtów oraz ataków na obozy dla uchodźców. Po zamachach na World Trade Center, Stany Zjednoczone uznały Lord's Resistance Army jak i jej lidera Josepha Kony'ego za terrorystów.
Wśród zwolenników Joseph Kony jest uważany za opętanego przez duchy; przedstawia się go jako Mesjasza lub diabła. Rzekomo wspiął się na najwyższe ze wzgórz i leżał tam w pełnym słońcu przez wiele dni. Porady jakie daje dziecięcym żołnierzom są jeszcze bardziej absurdalne – krzyż na ich klatce piersiowej zrobiony ze specjalnego oleju (wody święconej) ma chronić przed kulami. Ponadto mają nosić przy sobie kamienie, dzięki którym w chwili zagrożenia ma wyrosnąć przed nimi góra, która ochroni ich przed kulami wroga.
Joseph Kony podkreśla, że on i Lord's Resistance Army walczą w imię Dziesięciu Przykazań.