Oskarżenie 6 października 2005 roku, Międzynarodowy Trybunał Karny (MTK) wydał nakaz aresztowania pięciu liderów LRA, oskarżając ich o zbrodnie przeciwko ludzkości. Następnego dnia ugandyjski minister obrony, Amama Mbabazi ujawnił, że nakaz aresztowania obejmuje Josepha Kony'ego, jego zastępcę Vincenta Ottiego oraz dowódców Raskę Lukwiyę, Okota Odiambo oraz Dominika Ongwena. Według wojska Ugandy, Lukwiya został zabity 12 sierpnia 2006 roku.
13 października 2005, naczelny prokurator MTK Luis Moreno Ocampo upublicznił szczegóły dotyczące oskarżenia Kony'ego. Obejmuje ono 33 zarzuty, 12 z nich to zbrodnie przeciwko ludzkości – zabójstwa, zniewolenia, niewolnictwo seksualne oraz gwałty. 21 innych zalicza się do zbrodni wojennych – morderstwa oraz okrutne traktowanie ludności cywilnej, grabież, porywanie dzieci, a następnie wcielanie ich siłą do armii. Według Ocampo, Kony porywał dziewczęta jako nagrody dla swoich dowódców.
31 lipca 2006 roku Kony spotkał się z kilkoma politycznymi i religijnymi przywódcami z północnej Ugandy, w swojej kryjówce mieszczącej się w kongijskich lasach. Następnego dnia, 1 sierpnia, przekroczył granice Sudanu, gdzie spotkał się z wiceprezydentem Sudanu Południowego, Riekiem Macharem.