Wydział ten składał się z 5 sekcji bojowych stanowiących łącznie 47 funkcjonariuszy. W 1982 r. zwiększono liczebność jednostki do 273 funkcjonariuszy. Wydzielono również skrzydło bojowe i skrzydło ochrony lotów, a także sekcję techniczną jako część logistyczną. Funkcjonariusze skrzydła ochrony lotów (odpowiednik Federal Air Marshal Service) pilnowali bezpieczeństwa na pokładach samolotów Polskich Linii Lotniczych LOT. W 1990 r. w związku z ustaniem porwań samolotów skrzydło ochrony lotów zostało rozwiązane. Z WZ KS MO odeszła cała kadra zarządzająca, a nazwę zmieniono na Wydział Antyterrorystyczny Komendy Stołecznej Policji. W ramach wolnych etatów powiększono pion bojowy o sekcję pirotechniczną, utworzony został sztab i pluton ochrony, do sekcji technicznej dodano sekcję transportu, rozbudowano zespół medyczny.