W 1992 r. utworzono Sekcję Szkoleniową oraz Sekcję ds. Negocjacji, w której zatrudniony został psycholog. Sekcja pirotechniczna powiększono do 10 osób. Wydział zatrudniał wtedy 207 policjantów i 2 cywilnych pracowników Policji. W lutym 2003 r. WA KSP został wydzielony z KSP, zrestrukturyzowany i wcielony do struktury Komendy Głównej Policji. Powstała struktura ds. działań antyterrorystycznych w ramach CBŚ KGP. Stworzono dwa zarządy: zarząd bojowy oraz Zarząd Wsparcia Bojowego w ramach Centralnego Biura Śledczego KGP. Oba zarządy podlegały pod polecenia służbowe dyrektora CBŚ KGP.
W lipcu 2003 r. połączono Zarząd Bojowy CBŚ KGP oraz Zarząd Wsparcia Bojowego CBŚ KGP. Nowo stworzoną komórkę wydzielono ze struktury Centralnego Biura Śledczego, tworząc oddzielne wyższe hierarchicznie niż Zarządy CBŚ Biuro Operacji Antyterrorystycznych Komendy Głównej Policji, którym kierował dyrektor. BOA KGP było podległe Zastępcy Komendanta Głównego Policji. W kwietniu 2004 r. rozwiązano Biuro Operacji Antyterrorystycznych, degradując centralną jednostkę antyterrorystycznej policji. Przebudowano strukturę, tworząc Zarząd Operacji Antyterrorystycznych Głównego Sztabu Komendy Głównej Policji. Zadania jednostki nie uległy zmianie. W maju 2008 r.