Na świeżo zajętych terenach jednostki Wehrmachtu, SS i policji niemieckiej przeprowadzały obławy i masowe aresztowania. Wytyczne niemieckiego Naczelnego Dowództwa Wojsk Lądowych (niem. Oberkommando des Heeres, OKH) przewidywały przejściowe internowanie wszystkich zdolnych do służby wojskowej Polaków i Żydów w wieku od 17 do 45 lat. Ponadto na podstawie przygotowanych przed wojną list proskrypcyjnych zatrzymywano przedstawicieli polskiej inteligencji i duchowieństwa oraz Polaków uznanych za „wrogo nastawionych do Niemców”.
Już 1 września 1939 roku rozpoczęły się masowe aresztowania działaczy polonijnych oraz pracowników polskich instytucji państwowych w Wolnym Mieście Gdańsku. W ciągu dwóch tygodni zatrzymano blisko 3 tys. osób, które uwięziono w prowizorycznym areszcie na terenie tzw. Victoria-Schule i poddano wyjątkowo brutalnemu traktowaniu. Z kolei po zajęciu Gdyni przeprowadzono wielką akcję „przesiewania” ludności miasta, która trwała od 14 do 30 września 1939. O tym jak szeroko zakrojona była ta operacja może świadczyć fakt, iż już drugiego dnia w rękach niemieckiej policji bezpieczeństwa znajdowało się ok. 4 tys. osób, a kolejnych kilka tysięcy zostało zatrzymanych przez żołnierzy Wehrmachtu. 16 września liczba aresztowanych wynosiła już 6–7 tys. osób. Z tego grona 3 tys.