Z Cluny pochodził papież Urban II. Dwaj inni papieże – Grzegorz VII i Paschalis II – byli członkami kongregacji kluniackiej, choć nie jest pewne, czy byli mnichami w samym Cluny. Do najbardziej zasłużonych opatów należeli: Bernon (919–927), św. Odo (927–942), Majol (964–994), św. Odylon (994–1049), św. Hugon (1049–1109), Piotr Czcigodny (1122–1156).
Utrata znaczenia i likwidacja klasztoru W XII wieku Cluny powoli zaczynało tracić znaczenie na rzecz nowych zgromadzeń zakonnych: cystersów i kanoników regularnych.
W 1562 roku klasztor został splądrowany przez hugenotów. W 1790 roku, podczas rewolucji francuskiej, opactwo zamknięto, a w 1811 roku wraz z kościołem prawie w całości rozebrano.
Architektura Cluny thumb|Plan opactwa według Dictionnaire raisonné de l’architecture française du XIe au XVIe siècle Viollet-le-Duca, 1856 Pierwszy klasztor, nazywany Cluny I, został konsekrowany w 927 roku. Szybko okazał się zbyt mały. Już ok. 955 późniejszy opat, Mayeul, rozpoczął budowę nowego kościoła, który poświęcono w 981, chociaż prace związane z budową nowego klasztoru trwały do ok. 1045 roku. Na początku XI wieku kościół przykryto sklepieniem kolebkowym a od zachodu zbudowano znacznych rozmiarów narteks. Wschodnia część kościoła posiadała wydłużone prezbiterium zakończone apsydą.