Po jego obu stronach umieszczono krótsze od niego prostokątne pomieszczenia połączone z prezbiterium potrójnymi arkadami. Od strony wschodniej zamykały je niewielkie kaplice zakończone półkolistymi apsydami. Pomieszczenia utworzyły obejście pozwalające na odbywanie procesji. Do ich dłuższych boków, od strony zewnętrznej, przylegały kolejne kaplice dostępne z obejścia i transeptu. Schodkowy układ pomieszczeń kończyły niewielkie apsydy otwarte do boku transeptu. Rozwiązanie to było często powielane w kościołach romańskich a wschodnia część kościoła stała się jego najważniejszym elementem. W końcowym etapie budowy Cluny II wirydarz został otoczony krużgankami.
Szybko powiększająca się społeczność Cluny wymagała coraz większych budynków. Trzeci z kolei i ostatni kościół w Cluny, budowany w latach 1088–1135 z inicjatywy opata Hugona, był największym kościołem w Europie przed budową bazyliki św. Piotra w Rzymie. Kampania budowlana była finansowana przez Ferdynanda I Wielkiego, króla Kastylii i Leon, między 1053 i 1065 i przez Alfonsa VI. O rozmachu podjętych prac świadczy tempo ich przeprowadzenia. W 1095 papież Urban II konsekrował pięć ołtarzy w obejściu nowego prezbiterium, w 1100 ukończono dwie nawy poprzeczne, sklepienia powstały przed 1121 a w 1130 papież Innocenty II poświęcił kościół i klasztor.