Stamtąd został skierowany do guberni lubelskiej, gdzie zwalczał epidemię choleryBritish Medical Journal 2 (1661), s. 958 (1892).Tołwiński W. Zarys historyi cholery z r. 1892 w pow. lubartowskim gub. Lubelskiej. Czasopismo Lekarskie 7, 1905.. W Łęcznej sam zachorował na cholerę i po dwóch tygodniach zmarł. Na łamach prasy specjalistycznej i codziennej ukazały się jego nekrologiArchives de neurologie 24, 516, 1892.. Pochowany został uroczyście na prawosławnym cmentarzu w Łęcznej, marmurowy pomnik i metalową trumnę ufundowali mieszkańcy, przypisujący mu „odejście zarazy”. Uroczystości trwały od 28 do 30 września, przybyli na nie rodzice i krewni lekarza z Taganroga. Onanow pozostawił żonę Mariannę, nie mieli dzieci. Na płycie znajdował się napis w języku rosyjskim:
Tutaj spoczywają prochy doktora medycyny Paryskiej Akademii Jakuba Naumowicza Onanowa. Urodzony 20 stycznia 1859 roku zmarł od cholery 25 września 1892 roku. Pokój prochom Twoim.