Spór między Weishauptem a Knigge zaostrzył się do tego stopnia, że groził rozbiciem zakonu. W lutym 1784 zwołano w Weimarze sąd polubowny nazwany kongresem. Brali w nim udział między innymi Goethe, Johann Gottfried Herder i książę Ernest II. Niespodziewanie dla Kniggego kongres zdecydował o powołaniu całkiem nowego areopagu. Obie wiodące osobistości zakonu miały zrezygnować ze swoich funkcji. Pozornie był to znośny kompromis. Ponieważ jednak założyciel zakonu zachował, jak było do przewidzenia, swoje wpływy nawet bez formalnej pozycji w areopagu, oznaczało to dotkliwą porażkę Kniggego. 1 lipca 1784 Knigge opuścił zakon iluminatów. Zwrócił się on następnie przeciwko „modnemu szaleństwu”, próbowaniu ulepszenia świata poprzez tajne stowarzyszenia. Weishaupt przekazał kierownictwo zakonu hrabiemu Johannowi Martinowi zu Stolberg-Roßla.
W tym czasie tajne stowarzyszenia ściągnęły na siebie uwagę władz bawarskich. Władze uważały za podejrzane cele oświeceniowych tajnych zakonów nakierowanych na zmianę tradycyjnego porządku, próbujących przez zdobywanie wpływów w urzędach publicznych osiągnąć „racjonalne państwo”.