W konsekwencji elektor Karol Teodor zakazał 22 czerwca 1784 działalności wszystkich stowarzyszeń i związków, założonych bez zgody państwa.
Pod naciskiem kanclerza von Kreittmayra, różokrzyżowca von Törringa i innych dworzan został wydany 2 marca 1785 kolejny edykt wymieniający tym razem nazwy iluminatów i wolnomularzy oraz zakazujący ich działalności jako zdradzieckiej i wrogiej wobec religii. Podczas przeszukań domów członków zakonu znaleziono różne dokumenty wskazujące na radykalne cele organizacji. Dokumenty znalezione przy zmarłym kurierze dostarczyły władzom nazwisk kilku członków. Tego samego roku papież Pius VI uznał w dwóch listach (z 18 czerwca i 12 listopada) do biskupa Freisinga, że członkostwo w zakonie jest nie do pogodzenia z wiarą katolicką.
Prześladowania będące następstwem zakazów działalności z lat 1784/85 nie były szczególnie dotkliwe. Doszło do przeszukań i konfiskat. Kilku radców dworu i urzędników straciło swoje stanowiska. Kilku członków zakonu musiało opuścić kraj, ale żaden nie został aresztowany. Sam Weishaupt, o którym władze nie wiedziały, że był członkiem zakonu, miał status podejrzanego. Udało mu się zbiec najpierw do wolnego miasta Ratyzbony, a w 1787 r. do Gothy, gdzie książę Ernest II ofiarował mu synekurę radcy dworu.