Rzeka opuszcza Harz w pobliżu Langelsheim, w tych okolicach wpływa do niej Grane. Między Langelsheim, a Baddeckenstedt część wody z rzeki płynie podziemnymi korytarzami krasowymi, 30 do 100 m pod ziemią, nawet do 3 km od właściwego koryta rzecznego. Następnie przepływa przez południowo-zachodnią część Salzgitter – przez park wokół pałacu Ringelheim w dzielnicy Salzgitter-Ringelheim. Za Salzgitter rzeka osiąga Holle, gdzie wpada do niej Nette. Następnie przepływa przez obszar miasta Bad Salzdetfurth, gdzie przy dzielnicy Groß Düngen wpada do niej Lamme.
Za Hildesheim, sztucznie spiętrzone wody Innerste nadają rzece bardziej naturalny charakter. W północnej części powiatu Hildesheim, przy Ruthe, rzeka wpada do Leine.
Gospodarka wodna i geologia W początkowym odcinku cieku, Innerste jest rzeką o małym obciążeniu zanieczyszczeniami (klasa czystości I–II), w dalszym biegu osiąga jednak krytyczne obciążenie (klasa II–III).