W osadach rzeki znajduje się spora koncentracja kadmu, ołowiu i cynku. Te metale ciężkie pochodzą z hałd po górnictwie metalowym w Harzu oraz z gazów powstałych podczas procesów hutniczych. W celu ochrony obszarów zalewowych przed metalami ciężkimi obwałowano brzegi rzeki od Langelsheim w dół. Wprowadzanie do rzeki słabo lub wcale nie oczyszczonych ścieków powoduje już powyżej Hildesheim nadmierne pienienie się wody, nadając jej nieprzyjemny zapach. Istniejące małe oczyszczalnie nie są w stanie zażegnać tego problemu.
Wzdłuż brzegów rzeki na odcinku od jej górnego biegu aż po Holle występują rzadkie gatunki roślin odpornych na działanie metali ciężkich.
Zapora wodna na Innerste (niem. Innerstetalsperre) Koło Lautenthal w górnym Harzu Innerste została przegrodzona zaporą – Innerstetalsperre, wybudowaną w latach 1963–1966. Zapora ziemna ma 40 m wysokości i 750 długości. Zbiornik zaporowy gromadzi 20 mln m³ wody. Głównym zadaniem zbiornika jest wyrównywanie poziomu wody w rzece przy jej zbyt wysokim lub zbyt niskim stanie. W roku 2003 woda ze zbiornika została spuszczona w celu przeprowadzenia prac budowlanych przy głównej zaporze i innych elementach, które trwały aż do 2005. Zbiornikiem administruje firma Harzwasserwerke.