Oprócz własnej działalności badawczo-rozwojowej, Eli Lilly jest zaangażowane w projekty finansowane z funduszów publicznych, razem z innymi partnerami ze sfery przemysłowej i akademickiej. Jednym z przykładów takiej aktywności są pozakliniczne testy bezpieczeństwa InnoMed PredToxMattes WB (2008), Public consortium efforts in toxicogenomics, Met. Mol Biol. 2008;460:221-38 .. Korporacja rozwija swoją działalność we wspólnych projektach wewnątrz struktur Innovative Medicines Initiative należącej do i Komisji Europejskiej.
Działalność Produkty thumb|Medykamenty oferowane w roku 1906 thumb|Prozac Do najbardziej przełomowych leków w historii koncernu można zaliczyć cefalosporynę, erytromycynę, insulinę oraz Prozac (fluoksetynę), będący selektywnym inhibitorem zwrotnego wychwytu serotoniny (SSRI), stosowanym w leczeniu depresji chorobowej. Lilly jest największym producentem i dystrybutorem specyfików używanych w lecznictwie psychiatrycznym, m.in. przeciwko depresji, zespołowi lęku uogólnionego, uzależnieniom od narkotyków, bezsenności, zaburzeniom afektywnym dwubiegunowym i schizofrenii.