Perły naturalne są o wiele droższe od hodowanych. W przeciwieństwie do pereł hodowanych, których cena odsprzedaży jest bardzo niska, naturalne perły o wystarczającej jakości zachowują wartość na rynku wtórnym m.in. ze względu na swoją rzadkość. W XXI wieku perły naturalne odzyskały popularność. Istotną kwestią w handlu perłami i wyzwaniem dla gemmologów stała się konieczność nieinwazyjnego odróżniania pereł prawdziwych od hodowanych i imitacji. Szczególną trudność w identyfikacji nastręczają perły hodowane bez jądra oraz perły hodowane z jądrem z masy perłowej. Do badania wykorzystuje się m.in. radiografię rentgenowską, mikrotomografię, a nawet profilowanie DNA. Naturalna perła jest na wskroś, całkowicie zrobiona z masy perłowej, podczas gdy perła hodowana to najczęściej koralik z muszli (tzw. jądro, nucleus) otoczony bardzo cienką warstwą masy perłowej. Tysiące muszli perłopławów muszą zostać wyłowione i otwarte, aby zebrać garść naturalnych pereł, z których większość nie będzie miała ładnego koloru, ani nie będzie miała okrągłego kształtu. Zbieranie pasujących do siebie naturalnych pereł na naszyjnik trwało wiele lat.