W 1558 roku kościół został świątynią gminy ewangelickiej, korzystali z niego również bracia czescy. Nabożeństwa odbywały się głównie w języku polskim, w dokumentach Rady Miejskiej z 1578 roku jest określany jako Ecclesia nostra Polona. Ze względu na chowanie mieszkańców toruńskiego Starego Miasta na cmentarzu św. Jerzego, msze pogrzebowe odbywały się również w języku niemieckim. Kościół był zniszczony w 1657 roku podczas potopu szwedzkiego, po czym świątynię odbudowano. W 1703 roku, podczas III wojny północnej, wojska szwedzkie ponownie zniszczyły kościół. Po aneksji Torunia przez Prusy ludność niemiecka nadal stanowiła mniejszość. W 1797 roku pastor kościoła św. Jerzego został zwierzchnikiem niemieckich ewangelików z Mokrego.
Gmina św. Jerzego obejmowała swoim zasięgiem polskojęzycznych mieszkańców przedmieścia Torunia (za Bramą Chełmińską) i wsi Mokre do rzeczki Bachy. W praktyce z kościołem św. Jerzego byli związani również mieszkańcy Mokrego zza rzeczki, formalnie przynależący do zboru św. Trójcy na Rynku Nowomiejskim. Pierwsze kazanie w języku niemieckim odczytano po tumulcie toruńskim z 1724 roku i przejęciu kościoła Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny przez katolików. W XVIII wieku zamożniejsze rodziny ewangelickie otrzymały prawo do wykupywania miejsc pochówku wewnątrz kościoła.