W 1862 na usilną prośbę naczelnika rządu centralnego Królestwa Polskiego margrabiego Aleksandra Wielopolskiego senator Justynian Karnicki (wówczas członek Towarzystwa Zachęty Sztuk Pięknych i Rady Wychowania PublicznegoD.Szpoper, Rosyjskie czynniki rządowe wobec reformy szkolnej Aleksandra Wielopolskiego...[w:] Czasopismo prawno-historyczne, tom LXX, 2018, Zeszyt 1, s. 20) zgodził się na objęcie stanowiska pierwszego honorowego dyrektora założonego w 1862 roku Muzeum Sztuk Pięknych w Warszawie (przyszłego Muzeum Narodowego). Nominacja miała miejsce 24 lipca 1862 roku. Wykorzystując swoje wysokie kompetencje i szerokie znajomości w kręgu znawców sztuki za granicą, Karnicki dokonywał udanych zakupów dzieł sztuki europejskiej, wydatnie poszerzając zasoby MuzeumS.Lorentz, Muzeum Narodowe w Warszawie. Zarys historyczny, Rocznik Muzeum Narodowego w Warszawie, 1938, s. 1-10Historia MNW, Muzeum Narodowe w Warszawie [dostęp 2020-12-10].
Justynian Karnicki był członkiem założycielem Towarzystwa Zachęty Sztuk Pięknych w Warszawie (1860) i jego wieloletnim wiceprezesem (1862-1876).