Kariera klubowa Gra w Jugosławii Dejan pierwszą styczność z koszykówką miał w wieku 13 lat, trenując w szkolnej sekcji koszykówki Proleter Zrenjanin w swoim rodzinnym mieście. Dwa lata później, kiedy urósł do 205 cm, został włączony do pierwszej drużyny. Od tamtej pory wzrost zawodnika był stały (mimo że wiele źródeł podawało inaczej.) Pierwszym szkoleniowcem Proletera był Miodrag Nikolić – w latach 60. reprezentant Jugosławii. Dwa lata później inny znany koszykarz - Krešimir Ćosić - dostrzegł talent Bodirogi i namówił jego rodziców, aby ich syn przeprowadził się do Zadaru.
W czerwcu 2007 Bodiroga, pytany o początkach swojej kariery, powiedział: O Krešimirze Ćosiciu, moim mentorze, mogę rozmawiać dwa dni bez przerwy. On wyprzedzał czasy o pięć lat. Niewiele jest takich osób, które z takim poświęceniem ufają 16-17-latkom. On zaufał mi, Vlade Divacovi, Dino Rađi, Toniemu Kukočowi, Žarko Paspaljovi i Aleksandrowi Đorđeviciowi. To on dał podwaliny pod wielką bałkańską koszykówkę (dosł. „O Kreši Ćosiću, mom sledećem treneru i košarkaškom mentoru mogao bih da pričam dva dana. Kada pomislim na njega, prvo mi je u glavi da je bio pet godina ispred svog vremena.