Przed Avionem ukazały się dwa nowelistyczne tomy Kratochvila, Orfeus z Kénigu (1994, Orfeusz z Kenigu) i Má lásko, Postmoderno (1994, Miłości moja, Postmoderno).
W 1995 wyszedł tom esejów Příběhy příběhů (Historie historii). Kolejne powieści pisarza to swoista dylogia: Siamský příběh (1996, Syjamska opowieść) i Nesmrtelný příběh (1997, Nieśmiertelna opowieść). W 1997 wydano tom jego sztuk i słuchowisk Slepecká cvičení (Ćwiczenia ślepców). W 1999 w Teatrze Miejskim w Brnie odbyła się premiera jednego z tych dramatów – A babička slaví devětadevadesáté narozeniny (I babunia świętuje dziewięćdziesiąte dziewiąte urodziny). Następną powieścią Kratochvila było Noční tango (1999, Nocne tango). W 2000 opublikowano mikropowieść pod nawiązującym do Milana Kundery tytułem Truhlivý Bůh (Smutny Bóg), oraz tom esejów Vyznání příběhovosti (Wyznanie fabularności). Pisarz wydał również powieści Lehni, bestie!