Później Kratochvil publikował w drugim obiegu, współpracował z kilkoma pismami samizdatowymi („Obsah”, „Vokno”, „Host”) i wydał w samizdacie kolejne utwory. Pierwszym z nich był tom opowiadań Případ nevhodně umístněné šance (1978, Przypadek źle ulokowanej szansy), który ogłosiło najlepsze czeskie wydawnictwo drugoobiegowe – „Petlice” („Kłódka”). Ponadto dramaty Kratochvila Ubu sapiens i Hra pro odposlouchávací magnetofony (Sztuka dla magnetofonów podsłuchowych), zrealizowano w 1978 w teatrze domowym w Brnie. Pierwsza książka pisarza opublikowana oficjalnie to Medvědí román (1990, Niedźwiedzia powieść). Jego opublikowana postać była rezultatem kompromisu z wydawcą, obawiającym się nazbyt wielkiego skomplikowania utworu. Dopiero w 1999 wyszła jego pierwotna wersja pt. Urmedvěd (Urniedźwiedź). Niedźwiedzia powieść okazała się pierwszą częścią luźnej trylogii; dwie pozostałe to powieści Uprostřed nocí zpěv (wyd. samizdatowe 1989, wyd. oficjalne 1992, Śpiew pośród nocy) i Avion (1995). Poszczególnych części nie łączą te same postaci ani fabuła, lecz podobny czas akcji, to samo jej miejsce (Brno i jego okolice), podobne motywy i podobna poetyka.