Dzięki pieniądzom zebranym przez komendanta, prawdopodobnie poprzez mistyfikację z bartoszyckimi kamiennymi babami, w 1771 udało się ukończyć budowę nowego gmachu szkoły.
Uczelnia, której nadano nazwę Wielka Szkoła w Bartoszycach, mieściła 4 sale do nauki, gabinet przyrodniczy, mieszkania dla nauczycieli oraz bibliotekę, która także dzięki komendantowi zu Anhalt, w 1775 roku liczyła już 1500 woluminów. Pierwszym dyrektorem szkoły został absolwent Uniwersytetu Albertiny Fryderyk Kruska, Mazur spod Giżycka.
Nowa szkoła przez kilka dekad nie posiadała praw do kształcenia uczniów, którzy uzyskiwaliby wstęp na uniwersytet, a taki status otrzymała dopiero w 1802 roku, jednak już w 1809 ponownie go utraciła. Następnie w 1866 roku minister wyznań religijnych Prus zezwolił na przekształcenie szkoły w wyższą szkołę miejską, jednakże i tego statusu jednostka nie utrzymała.
Państwowe Gimnazjum Męskie (1872- 1945) Władze miasta zobowiązały się do opłacania składki na rzecz szkoły w wysokości 1000 talarów rocznie, dzięki czemu ta uniezależniła się od finansów kościelnych. Jednocześnie zastrzeżono obniżenie składki do 500 talarów, gdy liczba uczniów opłacających naukę przewyższy 300. W latach 50. i 60.