wydał Moje wspomnienia o Szczorsie.
Czystka w Armii Czerwonej, aresztowanie i proces Po tym, gdy Jona Jakir został 28 maja 1937 r. aresztowany Dubowoj według niektórych relacji w pierwszej chwili wyrażał wątpliwości co do winy przyjaciela. Podczas posiedzenia rady wojennej Komisariatu Obrony w czerwcu 1937 r. miał przekonywać, że potrzebne są dodatkowe ustalenia w sprawie działań Jakira. Według innej relacji Dubowoj, za radą komdywa Piotra Tkałuna, stanowczo odciął się od aresztowanego komandarma. Gdy Jakir został postawiony przed sądem razem z marszałkiem Michaiłem Tuchaczewskim i sześcioma innymi wysokimi oficerami, skazany na śmierć i rozstrzelany (11/12 czerwca 1937 r.), Dubowoj zaczął publicznie deklarować, że zniszczy „jakirowskiego i primakowowskiego ducha” w okręgu.
Sam Dubowoj został aresztowany 21 sierpnia w Moskwie, dokąd przyjechał na wezwanie komisarza obrony Woroszyłowa. Oskarżono go o szpiegostwo i szkodnictwo w wojsku, uczestnictwo w spisku trockistowskim, a także o to, że w 1919 r. zamordował Mykołę Szczorsa, by przejąć dowodzenie 44 Dywizją StrzeleckąP. Wieczorkiewicz, Łańcuch…, s. 707.. Przyznał się do stawianych mu zarzutów.