W czasie synodu w dniach 17–19 lipca 1967 w Ochrydzie Święty Synod Kościoła ogłosił autonomiczny Kościół Macedonii Kościołem autokefalicznym z metropolitą Ochrydy i całej Macedonii jako zwierzchnikiem. Decyzje Synodu Serbski Kościół Prawosławny uznał za nieważne. We wrześniu 1967 ogłosił Macedoński Kościół Prawosławny za niekanoniczną strukturę, wykluczając z Kościoła wszystkich jej hierarchów, nie rozciągając jednak tej decyzji na wiernych. Po uzyskaniu niepodległości przez Macedonię władze państwowe w dalszym ciągu popierają autokefalię Kościoła. Nie została ona jednak uznana przez żaden kanoniczny Kościół prawosławny. Było to rezultatem wpływów znacznie większego i silniejszego Serbskiego Kościoła Prawosławnego.
Po 1992 roku zostały podjęte rozmowy pomiędzy Macedońskim Kościołem Prawosławnym a Serbskim Kościołem Prawosławnym w sprawie ewentualnego zjednoczenia, do którego ostatecznie nie doszło. Przyjęcia Kościoła Macedońskiego pod swoją jurysdykcję odmówił również patriarcha Konstantynopola. Kanoniczne Kościoły uważają za legalną strukturę prawosławną działającą w Macedonii działające od 2002 Prawosławne arcybiskupstwo Ochrydzkie. Obecnie liczbę wiernych Kościoła szacuje się na ok. 1 200 000 osób.