Poza Macedonią Kościół posiada parafie w Australii i Stanach Zjednoczonych.
W 2006 roku Kościół został odznaczony Orderem Republiki Macedonii.
13 grudnia 2009 przedstawiciele Kościoła zadeklarowali, że zgodziliby się na powrót w jurysdykcję patriarchy Serbii jako Kościół autonomiczny, co oznaczałoby przywrócenie kanoniczności Kościoła przy rezygnacji z jego autokefaliiMacedoński Kościół Prawosławny chce zakończyć schizmę..
W związku ze zwolnieniem z więzienia arcybiskupa Jana (Wraniszkowskiego) (zwierzchnika Prawosławnego arcybiskupstwa Ochrydzkiego), na posiedzeniu Świętego Soboru Biskupów Serbskiego Kościoła Prawosławnego (maj 2015) postanowiono przywrócić dialog z Macedońskim Kościołem Prawosławnym, mający na celu zjednoczenie obu strukturSerwis Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego – Posiedzenie soboru biskupów Serbskiej Cerkwi Prawosławnej – ważne decyzje [dostęp: 04.06.2015.].
W 2022 r. Patriarchat Konstantynopolitański ogłosił uznanie Macedońskiego Kościoła Prawosławnego za kanoniczną strukturę autonomiczną. W tym samym miesiącu Serbski Kościół Prawosławny wznowił kontakty i łączność eucharystyczną z Cerkwią macedońską, ponownie uznając ją za kanoniczną Cerkiew autonomiczną. Natomiast 5 czerwca 2022 r.